O ran cymwysiadau, gellir defnyddio peli magnetig ar gyfer datblygiad deallusol plant, gan eu helpu i ddeall siapiau geometrig a strwythurau gofodol; gallant hefyd gael eu defnyddio gan oedolion i leddfu straen, gan ganiatáu iddynt ymlacio trwy chwarae gyda'r peli magnetig; yn ogystal, defnyddir peli magnetig mewn arbrofion gwyddonol i ddangos egwyddorion sylfaenol meysydd magnetig a grymoedd.
Wrth ddefnyddio peli magnetig, dylid nodi'r pwyntiau canlynol: Yn gyntaf, oherwydd bod gan beli magnetig magnetedd cryf, osgoi eu gosod ger dyfeisiau electronig i atal ymyrraeth â'u gweithrediad arferol; yn ail, nid yw peli magnetig yn addas ar gyfer plant ifanc, oherwydd gall llyncu damweiniol achosi problemau iechyd difrifol; yn olaf, osgoi amlygiad hirfaith o beli magnetig i dymheredd uchel, gan y gallai hyn effeithio ar eu magnetedd.